曾文水庫大壩、溢洪道、電廠及東口導水堰等主體工程於民國62年4月28日完成水庫安全蓄水後，即為竣工結束之準備。同年12月曾文水庫建設委員會及工程局同時結束，改設小組辦理結束工作；63年1月1日曾文水庫管理局成立，正式接管水庫及工程設施，開始營運，曾文水庫建設委員會暨工程局遂於63年10月撤銷，87年1月23日，曾文水庫管理局與水利局南部水資源開發工程處及阿公店水庫管理委員會合併成立台灣南區水資源局，88年7月1日改隸經濟部，全銜為經濟部水利處南區水資源局。
　　91年再經組織修編，機關全銜為「經濟部水利署南區水資源局」。