曾文水庫興建於曾文溪上游，主要目標為調節並充分利用曾文溪之水資源，改善與擴充嘉南地區耕地之灌溉，完成後兼具水力發電、給水及防洪等效應。 水庫於民國56年動土興建，民國62年完工，為國家重大經濟建設之一。水庫蓄水成湖後，原本崇山峻嶺、人跡罕至的庫區，成為映照四周蓊籲山林的萬頃碧池。為使這天然美景、豐富的大自然生態資源能與全民共享，於民國63年7月正式開放觀光。

• 1959 民國48年，台灣省水利局成立『第三規劃調查隊』負責規劃與調查興建水庫有關資料。
• 1963 民國52年，改名『曾文水庫計畫工作處』。
• 1964 民國53年又更名為『曾文水庫工程籌備處』仍隸屬台灣省水利局。
• 1966 民國55年7月，省府成立『曾文水庫工程局』由『曾文水庫建設委員會』指揮監督，負責水庫建造。
• 1973 民國62年10月，曾文水庫正式完工蓄水運作。
• 1974 民國63年元月，省府成立『曾文水庫管理局』職司水庫營運管理、水土保持、社區建設、觀光開發及研究發展業務。
• 1987 由於美濃水庫興建計畫遭居民抗爭無法定案，前台灣省水利局未雨綢繆，預先規劃南化水庫以為替代。
• 1987 民國76年，奉行政院核定成立『南化水庫測設隊』以辦理該水庫之設計及相關作業。
• 1988 民國77年9月，南化水庫動工，由前台灣省水利局及省自來水公司各調集人力合併成立『南化水庫臨時工程處』負責工程之推動。
• 1990 民國79年，牡丹水庫相繼開工，為因應南部水資源開發計畫之龐大專業技術人力，省政府乃於9月成立『台灣省水利局南部水資源開發工程處』全權負責台灣南部地區七縣市所有水資源開發事宜。
• 1998 民國87年元月，省政府將曾文水庫管理局與省水利局轄下之南部水資源開發工程處、阿公店水庫管理委員會等機關整合，在省府水利處轄下成立南區水資源局。
• 1999 民國88年，因台灣省政府功能業務與組織之調整，本局於7月1日改隸經濟部水利處，全銜更名為『經濟部水利處南區水資源局。
• 2002 民國91年，本局依『經濟部組織法』第11條修正公布之『經濟部水利署各區水資源局組織通則』規定，於3月28日改制為『經濟部水利署南區資源局』。